En 1826, Gabrielle Elisabeth Sergent (sœur Saint-Hilaire) fait donation à la Congrégation des Ursulines-de-Jésus de Chavagnes-en-Paillers des immeubles « Bourgenay » à usage de pensionnat. Cette donation est autorisée par ordonnance royale le 12 novembre 1826 et acceptée par la supérieur générale de la congrégation Mlle Charlotte Raufray.

L’établissement Notre-Dame-de-Bourgenay est un pensionnat. Il est fermé en tant qu’école congréganiste en 1909.

Le 21 septembre 1952, les cours secondaires de filles sont ouverts par Alice Pacaud. L’établissement appartient toujours à la congrégation.

Le 13 octobre 1960, un bail est contracté entre Mademoiselle Savare, supérieure générale de la congrégation des Ursulines-de-Jésus et l’association Notre Dame-de-Bourgenay pour les bâtiments scolaires. L’école comprend trois classes : une classe enfantine, une classe pour le cours préparatoire, les cours élémentaires première et deuxième année et une classe pour les cours moyens première et deuxième année.
Le 2 mai 1962, le contrat simple entre Mademoiselle Alice Pacaud (Mère Madeleine de la Résurrection), Pierre Fribauld (président de l’association d’éducation populaire) et l’État est signé. L’école comprend toujours trois classes maternelle et élémentaire organisées comme en 1960 soit 114 élèves.
Un premier avenant, daté de 1969, au contrat simple initial de 1962 modifie le nombre de classes. L’école compte quatre classes soit une classe enfantine, une classe pour la grande section de maternelle et le cours préparatoire, une classe pour les cours élémentaires de première et deuxième année et une classe pour les cours moyens de première et deuxième année.

Le 14 mars 1975, un contrat simple est signé entre l’État, la directrice de l’école primaire privée mixte Notre-Dame-de-Bourgenay (Mme Marie-Joseph Dugast) et M. Marcel Hordenneau (président de l’association d’éducation populaire) et M. Louis Baron (président de l’union départementale des associations d'éducation populaire). Par ce contrat, les classes élémentaires sont transférées à l’école Notre-Dame-des-Flots pour la rentrée scolaire 1974-1975. Une classe enfantine comprenant une petite et une moyenne section reste rattachée à l’institution secondaire.