C’est sous le Premier Empire, en 1809, qu’une école primaire gratuite pour les filles indigentes est ouverte aux Sables-d’Olonne par les religieuses de la congrégation des Filles de la Sagesse de Saint-Laurent-sur-Sèvre. Cette première école est établie dans une partie des locaux de l’hôpital hospice, alors situé entre la rue des Jardins et la rue Nationale.

En 1841, l’achat de maisons et de terrains dans le quartier des Jardins permet la création d’une salle d’asile (ancien nom des écoles maternelles) pour les très jeunes enfants. L’année suivante, un bail est signé entre la Ville et les religieuses de l’hospice pour la création de la première salle d’asile des Sables avant que les Soeurs de la Sagesse ne fassent don de celle-ci à la Ville.

Afin de répondre à l’augmentation croissante des effectifs scolaires, des travaux d’agrandissement des classes enfantines, des classes de filles et du dortoir de l’orphelinat sont entrepris à partir de 1870. Mais cela va rester insuffisant pour y accueillir plus de 300 élèves.
En 1881, la salle d’asile devient l’école maternelle dite de la place du Marché au bois et compte près de 400 enfants. L’école est laïcisée en 1902.

Le transfert des classes de filles en 1909 dans la nouvelle école élémentaire publique avenue Carnot va permettre l’édification d’une nouvelle école maternelle rue des Jardins, en lieu et place des anciens bâtiments devenus vétustes.
L’école est ensuite agrandie et modernisée dans les années 1955-1957 avec la construction d’un étage et l’installation du chauffage central.

La Ville, qui est propriétaire de l’ensemble des terrains de la maternelle depuis 1966, envisage d’y implanter des places de parkings et de transférer l’école rue Nicot en 1975. Mais cette étude va finalement être abandonnée face à la très forte mobilisation de l’association des Parents d’élèves des écoles publiques des Sables-d’Olonne contre ce projet.
En 2011, l’école des Jardins fusionne avec l’école maternelle du Passage suite à la fermeture définitive de celle-ci.