Les Frères des écoles chrétiennes (aussi appelés Lasalliens) arrivent aux Sables-d’Olonne en 1835, date à laquelle l’école Saint-Joseph est probablement fondée.
Dans une lettre du 19 décembre 1835, le ministre de l’Instruction Publique, François Guizot, informe le curé Imbert que par ordonnance du Roi le supérieur général des Frères de la Doctrine Chrétienne est autorisé à acheter au nom et pour le compte de l’institution une maison appartenant à M. Rondenet pour 2 200 francs. Le 16 mai 1837, une police d’assurance contre l’incendie d’un montant de 8 500 francs est contracté pour une durée de sept ans, à compter du 17 novembre 1837 jusqu’au 17 novembre 1844.

La construction de l’école Saint-Joseph débute en 1879. La rénovation des bâtiments est entreprise avec l’ouverture de locaux destinés aux classes et un rez-de-chaussée assez vaste pour y établir un petit dortoir pour quelques pensionnaires. Cette rénovation permet de prévoir un dortoir et un réfectoire. Ce premier pensionnat sera dirigé par le frère Clovis.

En mai 1883, commencent à l’école des travaux ayant pour but la transformation de l’établissement. Trois grandes classes sont construites, ainsi qu’une petite infirmerie. Le dortoir devient une grande classe, un double-parloir et des classes supplémentaires. Les Frères ont un petit jardin pour l’aumônerie. L’année suivante, les Frères sont cependant obligés de supprimer les cours d’adultes.

L’école des Frères n’est pas touchée immédiatement par la loi du 8 juillet 1904, qui supprime l’enseignement congréganiste, mais le 2 juillet 1906 l’école ferme ses portes. Elle doit cesser d’enseigner et les Frères doivent quitter l’établissement au 1^er septembre suivant. Toutefois, la Société Protectrice des Écoles Chrétiennes loue l’immeuble pour neuf ans à l’Institut des Frères.

Le 27 juin 1907, lors d’une audience au Tribunal de Paris, les bâtiments de l’école sont mis aux enchères. Cette vente est organisée par le ministère du liquidateur des biens de l’Institut des Frères et les locaux sont acquis le même jour.

En 1919, une classe maternelle s’ouvre sur le cours Blossac. Mlle Yvonne Léaud, enseignante à l’école Sainte-Marthe, prend la direction du nouvel établissement pour les petits garçons. Cette nouvelle classe est autonome mais annexée à l’école des Frères.

En 1946, le collège secondaire Amiral Merveilleux du Vignaux est fondé par Monseigneur Cazaux (1897-1975, évêque de Luçon depuis 1941) pour compléter l’école élémentaire, devenue insuffisante pour préparer les diplômes. L’évêque utilise les locaux de l’école Saint‑Joseph sur le cours Blossac, alors inoccupés, pour y installer les cours secondaires.

Par accord du 10 octobre 1959 entre le chanoine Retailleau et le chanoine Paul Gilbert (supérieur de l’institution Amiral Merveilleux du Vignaux), les rapports entre l’école Saint-Joseph et l’institution Amiral sont déterminés. Cet accord stipule que les deux écoles sont distinctes et séparées sur trois niveaux :

• territorial, car chacun est propriétaire de son domaine d’implantation ;
• canonique, car les deux propriétés distinctes appartiennent à deux personnes morales distinctes ;
• juridique, car les deux propriétés distinctes appartiennent à deux personnes morales distinctes.

L’école Saint-Joseph est sous l’autorité et la responsabilité exclusive du curé archiprêtre et du comité scolaire de la paroisse Notre-Dame. Selon la législation de l’époque, le supérieur de l’Amiral est le seul directeur du groupe scolaire (école Saint-Joseph et l’Amiral). L’union des deux établissements est d’ordre légal et académique. Chaque école a son personnel et sa cantine.

Durant l’année 1960, la chapelle Saint-Joseph, incluse dans la propriété de l’institution Amiral Merveilleux du Vignaux, devient propriété de l’institution. Elle demeure à disposition et à l’usage de l’école paroissiale et de la paroisse Notre-Dame selon certaines conditions : confessions des élèves de l’école, messes à certains jours pour les personnes du quartier et messes annuelles pour l’Amicale des Anciens Élèves. La même année par acte de séparation, l’école paroissiale obtient son indépendance juridique du Collège diocésain.

À la rentrée 1971, la gérance de l’école est assurée par une association pour l’enseignement populaire. En 1973, l’école transfère ses classes élémentaires dans la nouvelle école Notre-Dame des Flots.

Directrices et directeurs :

• M. Lalaire, 1906 ;
• [inconnu]
• M. Ravon, 1955-1956 ;
• [inconnu]
• Bruno Poupard, 1993-2002 ;
• Catherine Mocquillon, 2002-2017 ;
• Jean-Michel Jadault, 2017-…