Cet établissement appelé « l’Asile » est initialement un asile de vieillards tenu par les Petites Sœurs des Pauvres. Il est fondé en 1865, rue du Port. En 1875, l’école est tenue par les Filles de la Sagesse.

L'école est laïcisée en 1890 et des maîtresses laïques s’installent dès la rentrée. La création d’une école libre est décidée et une donation, comportant une clause en faveur de l’école dirigée par les religieuses, est faite par Mlle de la Cailletière, bienfaitrice de l’école des Filles de la Sagesse.
L’évêque de Luçon, lors d’une réunion le 12 novembre 1890, encourage la paroisse à créer cette nouvelle école. Une souscription est faite pour collecter des fonds. Le 4 décembre 1890, un ancien bâtiment, abandonné par les Petites Sœurs des Pauvres, avec terrain dans le centre ville, près du quartier du Passage, est acquis. Dans le courant du mois de janvier 1891, les bâtiments vétustes sont démolis, excepté la chapelle. L’architecte de la ville, M. Guerit, est chargé de dresser les plans de la nouvelle école qui accueillera des classes élémentaires et enfantines.

Trois classes forment cette nouvelle école libre et payante. Elles occupent les bâtiments dépendants de l’hospice et continuent de fonctionner sous la direction des religieuses de la communauté des Filles de la Sagesse.
L’école a trois façades sur rue et une sur le port. La porte donne rue du grand coin et précède un préau qui conduit aux classes. Il est prévu une grande cour de récréation. La chapelle, à cette époque, est en cours de restauration. Une deuxième cour se situe devant la partie de l’école maternelle au rez-de-chaussée. Un large escalier donne accès aux trois classes à l’étage. Un autre escalier, plus petit, conduit aux locaux où vivent les religieuses : dortoir, parloir, réfectoire et buanderie à l’usage des religieuses. Côté port, une porte et un escalier mènent à la bibliothèque paroissiale, séparée des bâtiments scolaires.

L’école s’ouvre le 28 septembre 1891. Le 29 septembre 1891, la rentrée des classes s’effectue dans la nouvelle école Sainte-Marie-du-Port, dirigée par les Filles de la Sagesse. Le 12 novembre, l’évêque de Luçon vient bénir l’école et célèbre la messe dans la chapelle rénovée. Une statue de la vierge est placée sur la façade extérieure de la chapelle. Une cloche est mise au pignon de cette chapelle le 25 décembre.

Durant l’année 1903, les écoles chrétiennes sont fermées. Le 24 septembre, les Filles de la Sagesse reçoivent officiellement l’ordre de se disperser et de quitter l’établissement dans la semaine, c’est-à-dire le 1^er octobre, jour de la rentrée des classes.  
Le 1^er octobre tous les élèves des écoles chrétiennes se rendent à l’église paroissiale pour la messe du saint esprit, célébrée chaque année le jour de la rentrée. Le lendemain, jour du départ des religieuses, après la messe dans la chapelle de l’établissement, la population sablaise accompagne les Sœurs à la gare.
L’école est ensuite fermée, les bâtiments désertés. En attendant la formation d’un nouveau personnel, des dames et demoiselles se réunissent au patronage Jeanne d’Arc et se chargent des filles. Le 20 novembre 1903, l’école devait être réouverte mais il faut attendre le 20 décembre pour que les nouvelles institutrices laïques accueillent les élèves.
Monseigneur du Botneau, propriétaire de l’école, propose en mars 1909 son acquisition par l’Association pour l’enseignement libre pour 34 000 francs.

Le 30 juillet 1912, est déclarée ouverte l’école élémentaire de filles avec des classes enfantines dans le local Sainte Marie du Port, rue de l’hôtel de ville.

Le 13 juillet 1941, le cinquantenaire de la fondation de l’école est célébré.

En janvier 1942, la maison « Mandin » 16 quai de la Poissonnerie est achetée par l’association Notre Dame de Bon Port.


Le chanoine Marcel Retailleau, curé archiprêtre de la paroisse Notre Dame de Bon Port, fait acte de donation le 12 mars 1960, à la Congrégation des Sœurs des Sacrés Cœurs de Mormaison de l’école paroissiale de Sainte-Marie-du-Port (terrain, immeubles, mobilier, « maison Mandin » de la rue du grand coin). La congrégation s’engage à recevoir les classes élémentaires à l’école et à aménager l’immeuble pour recevoir des élèves des classes maternelles (situées 40 rue Napoléon et 36 rue Nationale) si celles-ci ne pouvaient plus fonctionner.
Le curé archiprêtre garde la direction de l’établissement avec ses délégués ; un accord est signé entre l’évêque de Luçon, A.M. Cazaux, le chanoine Retailleau, Monseigneur directeur diocésain de l’Enseignement Libre Alphonse Douillard et Marie Thérèse, mère révérende de la Congrégation. Par contrat spécial conclu le 12 mars 1960, entre le chanoine Marcel Retailleau (curé archiprêtre de la paroisse Notre Dame de Bon Port) et la révérende Mère Marie Thérèse (Madame Thérèse Dabreteau) supérieure générale de la Communauté des Sœurs des Sacrés Cœurs de Mormaison, les biens concernant l’école sont transférés (terrain, immeubles, mobilier et objets de l’immeuble, maison rue du grand coin dite maison Mandin et tout mobilier et objets à usage scolaire des classes maternelles). Dans cet acte de donation, il est spécifié que si la Congrégation était amenée à abandonner sa propriété, celle-ci retournerait à la paroisse. De plus, la communauté des religieuses s’engage à recevoir les classes élémentaires dans les immeubles rue de l’hôtel de ville ainsi que les classes maternelles anciennement 40 rue Napoléon et 36 rue Nationale et à prendre en charge les traitements et indemnités des toutes les maîtresses et de tout le personnel. Le curé archiprêtre et ses délégués conservent la direction et l’orientation des élèves en accord avec les religieuses.

Durant l’été 1960, la paroisse laisse à la Congrégation l’immeuble rue Napoléon.
Le 6 octobre 1961, un contrat simple entre l’école et la municipalité est signé pour une durée de neuf ans. L’école compte sept classes : deux classes enfantines, quatre classes élémentaires, une classes de cours supérieur et de C.E.P. L’association d’éducation populaire « l’Ondine » gère l’école. Une annexe du dortoir Sainte-Marie-des-Ombrées est située au deuxième étage rue de la Poissonnerie.
En juin 1962, les classes maternelles de la rue Nationale sont supprimées et regroupées dans l’établissement principal. Les terrains et bâtiments rue Nationale sont aliénés.

En 1966, l’école est transférée à la Mérinière à Olonne-sur-Mer (délibération du conseil d’administration du 29 juin 1966). Les cours techniques donnés à Notre-Dame-du-Large sont transférés rue de l’hôtel de ville.

En septembre 1972, une classe de perfectionnement est transférée à l’école Saint-Pierre. L’école compte cinq classes : une classe de perfectionnement, une classe enfantine, une classe enfantine et pour le cours préparatoire, une classe pour les cours élémentaires de première et deuxième année, un cours moyens première et deuxième année.
En 1973, la résidence du Port est construite sur l’emplacement dans l’ancienne école.